1、瘺口、瘻管增加：肛門廔管的多次反復發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而成多發性、複雜性肛瘺，不但給治療帶來困難，而且也影響到肛門的生理功能。
2、感染流膿：肛門廔管感染髮炎後，肛門疼痛劇烈，潰破後膿水污染內褲，膿汁刺激局部皮膚，肛門瘙癢劇烈。久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，發作亦越頻繁，形成互為因果。
3、肛門失禁：任由肛門廔管發展，可對括約肌造成嚴重損傷，甚至可能造成肛門失禁等並發症。
4、癌變危險：肛瘺的多發性，可形成直腸陰道瘺、直腸尿道瘺和直腸膀胱瘺，危及周圍臟器，並且多年未治或誤治的老肛瘺有癌變的可能。
肛門廔管久治不愈，長期的炎症存在，使得膿性物以及糞便從瘻管排出，從而刺激細胞異常增生，導致惡性病變；其次細菌長期存在於瘻管內，特別是綠膿桿菌或結核桿菌感染，纏綿不愈，也可導致肛門廔管發生癌變；還有很多肛瘺患者長期服用大量的藥物，這些藥物經常刺激局部，致使發生病變，易導致肛門廔管癌變的傾向。因此，出現肛瘺症狀應該及時到正規醫院治療，不要錯過了最佳治療時間。
